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日本との外交関係は、アメリカの建国が比較的近年であったこともあり、その歴史こそ浅いが太平洋を隔てた隣国と言うこともあり非常に緊密である。

19世紀に日本で明治維新を起こすきっかけの一つとなったペリーの黒船の来航を経て正式な国交を樹立し、その後20世紀に入り発生した日露戦争の後のポーツマス条約締結時の仲介などその関係を深める。しかし1920年代に、アメリカで日本人移民を狙い撃ちにした人種差別法案である排日移民法が施行された他、1930年代に入ると日本の中国大陸進出政策や仏領インドシナ進出にアメリカが不快感を示し対日禁輸政策を取るなど、その関係は急速に冷え込んだ。

その後に起きた第2次世界大戦では、1941年12月に日本海軍により行われた真珠湾攻撃以降枢軸国と連合国に別かれ敵対関係になったものの、1945年8月の日本の連合国に対する敗戦に伴い連合国の主要な占領国として参加、以降戦後に同盟関係（日米安全保障条約、日米同盟）を構築してソ連や中華人民共和国などの軍事的脅威に対して共同歩調をとり続けるなど、極めて友好的な関係を築いている。なお、日本にとって、アメリカは軍事的同盟を正式に結んでいる唯一の国でもある。

一方で、冷戦時代に朝鮮戦争やベトナム戦争において日本が出撃基地として利用されてきたことや、日本国内で在日アメリカ軍兵士による日本人女性に対するレイプや強盗事件が多発していることもあり、同盟関係に対する批判のみならず、その緊密な関係に対する批判も少なからず存在するが、アメリカの政治的、軍事的な影響力や、日本製品の主な輸出先として日本が恩恵を得てきたのもまた事実である。

冷戦が終結した現在もなお日米関係は国際政治や経済活動において不動の地位を築きつつあり、両国間の貿易や投資活動はその規模の大きさから両国経済だけでなく世界経済に大きな影響力を持つほか、2006年10月に発生した北朝鮮による核実験における対応や、同国による日本人拉致事件でも共同歩調をとっている。